據通關時長統計網站HowLongToBeat的數據，本次《時之笛》完全重製版在三種統計口徑下的通關時間均大幅短於原作。具體對比數據如下：
主線故事：重製版17小時，原作27小時，3DS版25小時。
主線+部分支線：重製版21小時，原作30.5小時，3DS版31.5小時。
完美通關：重製版25.5小時，原作37.5小時，3DS版38.5小時。
通關時間縮短的首要原因，是大量經驗豐富的老玩家在發售初期就迅速通關並提交了記錄，拉低了平均值。但更關鍵的是，開發團隊為現代玩家進行了大量「體驗優化」。
最典型的例子是原作中難度著稱的 「水之神殿」。重製版將牆壁改為格子狀，空間結構一目了然;同時，道具切換支持快捷鍵和快捷菜單，鐵靴的切換也變得極為迅速，讓這座複雜迷宮不再容易迷路。此外，新增的跳躍與衝刺功能讓移動更高效，部分區域改為無縫連接，也顯著減少了跑圖耗時。
需要指出的是，這些數據來自玩家自發提交，並非官方統計。通關時間短也絕不等於內容縮水。重製版在優化體驗的同時，也加入了諸如「真實之面具」這類能聽到NPC心聲的新要素，如果細細品味，遊戲內容依然豐富。
