《戰錘40K：星際戰士2》雖然講了一個有頭有尾的故事，但是對於玩家來說這遠遠不夠，官方的內容更新又是按季度推出。為了遊戲新鮮感，mod自然就是玩家們最好的選擇。各種奇妙的「忠誠與異端玩意兒」都出現在了線上戰鬥中。不過開發商Saber Interactive正式宣布12月起將禁止在公開匹配遊戲中使用mod，但是官方將推出mod支持，可以讓玩家在私人匹配遊戲中使用這些mod內容。
Saber Interactive稱他們一直都希望打造一款更加支持mod製作的遊戲，因為mod可以延長遊戲的生命力，所以《戰錘40K：星際戰士2》的遊戲文件並沒有加密。不過為了遊戲的穩定性，自12月《戰錘40K：星際戰士2》的大更新開始將禁止公共在線伺服器使用。因為Saber Interactive收到用戶報告稱與使用mod的玩家聯機後，存檔出現損壞。不過玩家依舊可以在私人匹配遊戲中使用，同時官方也提供特定接口與mod開發工具，讓玩家不會因為遊戲更新而導致mod失效。
