《潛龍諜影3：重製版》在提升畫面表現的同時，對戰鬥系統進行了針對性調整，尤其是經典場景"Snake與導師The Boss的最終對決"，因近戰機制的優化而呈現出更友好的體驗。
原版遊戲中，玩家若嘗試與The Boss展開近身纏鬥，常會因對方迅捷的反制陷入被動。想要成功反擊，必須依賴Snake動作時產生的細微聲響來捕捉反擊窗口，這種設計雖具挑戰性，卻也讓不少玩家感到操作門檻較高。
此次重製版針對這一痛點進行了顯著優化：當The Boss發動攻擊的瞬間，遊戲會觸發短暫的時間緩速效果，配合更具電影感的運鏡切換，不僅清晰標示出反擊時機，更讓近身纏鬥的視覺表現更具衝擊力。這種調整既保留了戰鬥的緊張感，又降低了操作精準度要求。
玩家社區反饋顯示，儘管原版已存在反擊機制，但重製版通過視覺與節奏的雙重優化，使其操作流暢度與反饋直觀性得到了質的提升。整體來看，重製版通過操作邏輯的改良，在降低BOSS戰上手難度的同時，藉助鏡頭語言與動態效果的強化，將戰鬥的觀賞性與沉浸感提升到了新的高度。
