劇中小智一行人通常是當時播放的動畫版的隊伍，同行寶可夢也與動畫版一致。在寶可夢（動畫首作）初期的四部電影中，劇情仍然隸屬於動畫版的劇情延伸和補充，劇情上也多次互相穿插交集；但是由於之後電影經常會與動畫版出現劇情和設定上的衝突，所以製作組開始設定電影與動畫的劇情設計上不再有交集，而仍然屬於動畫系列的擴展，部分電影還會在動畫劇集中出現彩蛋性質的聯動橋段（如神速的蓋諾賽克特 超夢覺醒）。
在世代交替所在的年份，通常會有至少一部以下一世代的寶可夢作為其中的一位主角，或者有屬於下一世代的內容為主題的電影、作為對下一世代的宣傳。
1.拉迪亞斯
拉迪亞斯登場於電影系列第五作——水都的守護神。
在某座安靜祥和的城鎮中有一個傳說，曾經這裡是被黑暗力量統治（一直不清楚寶可夢的黑暗力量是什麽，X神那種死亡氣息還是火箭隊這種邪惡組織？），後來拉帝歐斯和拉迪亞斯帶來了心之水滴（七代一刀砍的道具），驅散了邪惡力量，帶來了和平。但是這個心之水滴被兩個女賊盯上了（說實話小姐姐長得還行），她們捕捉這精靈從而喚出心之水滴，可是不純潔的目的讓心之水滴破裂，並引發了大水，城市的危機在拉帝歐斯犧牲了自己後解決。
為了感謝小智，於是被親了臉頰，因為親小智的時候這段沒有說任何的話，卡儂是人類，多少會有台詞，而且最後跑開的姿勢明顯就是個奇行種，人類根本不會這麼跑。
2.基拉祈
在《七夜的許願星》出場，與小智等人成為朋友，實現願望的能力卻被巴特勒看中，抓去之後用來復活古拉頓來振興熔岩團，因為各種錯誤的原因放出了一個未知的怪物，發現那個只會吞噬物體的東西不是自己想要的巴特勒這才醒悟過來，和小智等人一起救出了基拉祈，消滅了魔物，最後發現寶可夢沒有妹子好玩於是被洗白。
3.瑪娜菲
《滄海的王子》說的就是它的故事，它開始還是一個蛋，在各種菜雞之間互相爭奪後來到了小遙的手中，孵化後認小遙為母親，後因為海底神殿的寶物被奪走開始崩塌，於是主角團前去拯救，最後自然是皆大歡喜的結局。順便一提，這個劇場版蓋歐卡也有出場，不過這時候它還不會飛！
4.潔咪
古拉頓：你等著，等我走回豐源就叫帕魯奇犽打扁你！
《騎拉帝納與冰空的花束》講了一隻沒辦法飛行去往花田的潔咪的故事，主角團帶其去花田，中途遇上了奪取反轉世界騎拉帝納力量的反派和各種拉扯，總之這潔咪我倒是沒看出來有多大的感情，倒是刷滿了冥王龍的好感....
5.比克提尼
《比克提尼與黑白英雄》中，大地之民的後裔為了利用比克提尼的力量讓自己的家園復甦，可是發現沒有辦法平息這個惡果，最後還是雷希拉姆和捷克羅姆出面收拾爛攤子，至於比克提尼的作用....無非就是吃天桐做的小圓餅。
那麼，哪一部是你心中的佳作呢？歡迎討論！
