動漫火影忍者中，忍界大戰這部分劇情整整部動漫帶到了高潮，而在忍界大戰之中也出現了很多的轉折點，其中作為反派方的一邊，藥師兜協助宇智波帶土，並且操控大量穢土轉生的忍者與忍者聯軍戰鬥，這也給忍者聯軍造成了非常大的麻煩。
不過在宇智波鼬和宇智波佐助聯手戰鬥之後，藥師兜中了宇智波鼬的伊邪那美，並且在伊邪那美的幻術世界中不斷輪迴，最終藥師兜找到了真正的自己而清醒了過來，並且馬上前往忍界大戰的主戰場，而此時的宇智波佐助正好被宇智波斑捅了一刀，局勢可以說是十分不利的。
就在這個時候，藥師兜來到了佐助的身邊，並且將千手柱間的細胞移植給了佐助，這才讓佐助見到了六道仙人，並且覺醒了輪迴眼，可以說沒有藥師兜的即使出現的話，佐助可能就直接在這裡領便當犧牲了，不得不說，藥師兜的出現可以說是直接改變了整個忍界大戰的局勢。
而在忍界大戰結束之後，宇智波佐助卻被木葉村關在了大牢之中，雖然佐助是忍界大戰的功臣，但是他的所作所為還是要被關一陣子的，最後佐助能夠被釋放，也是看在鳴人的面子上，其他的村子才能夠同意，如果沒有鳴人的說情的話，佐助的下場是什麼樣真的不好說。
除了佐助之外，大蛇丸也可以說是一個犯人了，雖然回到了木葉村，但是大蛇丸不管做什麼都要被大和監視，可以說是失去了自由，不過大蛇丸這麼多年來犯下的罪行也不少，最後能有一個這樣的結局也算是比較不錯的了，可是同樣是戰犯，為什麼藥師兜卻沒有被處罰呢？
首先藥師兜的罪行可以說是非常大的，畢竟穢土轉生之術殺害了不少的忍者，而藥師兜雖然在最後救下了佐助一命，但是這絕對不足以讓藥師兜得到所有人的原諒，可是藥師兜在忍界大戰結束後卻成為了孤兒院的院長，對於木葉村的這種做法，其他村子難道就沒有意見嗎？
首先五大國對於這件事情應該是考慮過了之後才做的決定，畢竟藥師兜還是比較危險的一個人物，而藥師兜能夠成為孤兒院的院長，這也許是五大國一同做出的決定，畢竟此時的藥師兜已經不再是忍界大戰階段那個瘋狂的傢伙了，自然也就沒有什麼威脅存在。
在動漫之中，藥師兜被宇智波鼬的伊邪那美所控制，而這個幻術的霸道之處就在於，如果沒有走到正確的道路，那就將一直重複這個循環，就好像走迷宮一樣，所以藥師兜最後能夠走出來，這也就說明他已經可以正確的面對自己了。
還有就是藥師兜最後還是留在木葉村的，這一點也應該是五大國一同做出的決定，畢竟在當時的忍者世界，能夠壓制住藥師兜的也就只有木葉村了，而且藥師兜畢竟是有功之人，罪不至死，所以就只能留在木村中，不過目前來看應該是多慮了。
在你看來，五大國對於藥師兜的處理是否有意見呢？
