自1998年在舊金山市場街地鐵站安裝以來，Muni Metro的自動列車控制系統（ATCS）一直依賴5.25英寸軟盤片。該系統使用三張軟盤片來加載DOS軟體，以控制系統的中央伺服器。SFMTA發言人麥可·羅卡福特（Michael Roccaforte）在四月向Ars Technica透露更多關於輕軌運行的細節，他說：「當列車進入地鐵時，其車載電腦會連接到列車控制系統，以自動模式運行列車，此時列車會自動駕駛，而操作員則負責監督。當列車駛出地鐵時，它們會斷開與ATCS的連接，並在街道上恢復手動操作。」SFMTA最初於2018年開始規劃，預計在2028年前汰換掉軟盤片列車控制系統。但由於COVID-19疫情導致工程延誤18個月，預計完成日期也隨之延後。
據《舊金山紀事報》報道，10月15日，SFMTA朝著淘汰軟盤片的目標邁進了一步，其董事會批准了與Hitachi Rail簽訂的合約，將實施一套不使用軟盤片的新列車控制系統。據稱，Hitachi Rail的技術為50多個國家的列車系統提供支持，包括日本的子彈列車。該報指出，這份價值2.12億美元的合約包括Hitachi提供「20到25年」的支持服務。
根據《紀事報》引述Muni地鐵總監茱莉·柯希包姆（Julie Kirschbaum）的話，新的控制系統比Muni目前使用的系統領先五個時代。輕軌系統使用的技術之老舊，由此可見一斑：目前的ATCS設計使用壽命為20到25年，也就是說，預計的使用期限在2023年就已到期。雖然該系統目前仍可正常運行，但軟盤片數據degragation的風險，以及維護1990年代程序語言專業知識的挑戰，都促使SFMTA尋求升級。
除了軟盤片之外，Muni Metro還需要進行更多升級。SFMTA計劃斥資7億美元（包括與Hitachi簽訂的2.12億美元合約）來徹底改造輕軌的控制系統，其中包括更換用於在伺服器和列車之間傳輸數據的環狀電纜系統。據稱，這些電纜比使用軟盤片的問題更為緊迫。Roccaforte先前告訴Ars，這些老化的電纜非常脆弱，「帶寬比舊的AOL撥接調製解調器還低」。據報道，SFMTA計劃讓Hitachi在2028年前開始將環狀電纜替換成使用Wi-Fi和移動網路信號來關注列車的新通信系統。然而，《舊金山紀事報》指出，SFMTA的監事會仍需批准這項計劃。
除了舊的存儲格式和通信基礎設施之外，Muni目前的ATCS還包括與推進和剎車系統相連的車載電腦、本地和中央伺服器等等。SFMTA的網站指出，目前預計完成所有改造工程的日期為「2033/2034年」。根據所提供的時間表，地鐵技術的汰換階段預計將在「2027/2028年」進行，之後將進行路面技術的安裝階段。
與其他機構一樣，SFMTA淘汰軟盤片的步伐緩慢，可以歸因於自滿、預算限制，以及改造關鍵技術系統的複雜性。其他許多組織在淘汰這種過時的存儲格式方面也進展緩慢，包括日本，該國直到今年六月才停止在政府系統中使用軟盤片；而德國海軍仍在努力尋找8英寸軟盤片的替代品。
