近日，《銀河戰士Prime 4：超越》開發團隊通過《Fami通》雜誌透露了本作在系列時間軸中的定位。儘管未公開具體受訪者姓名，但任天堂內部人士提供了明確說明。
訪談中指出，《銀河戰士Prime 4：超越》故事時間線設定在《超級銀河戰士》之後、《銀河戰士：融合》之前。
不過，玩家無需事先了解系列劇情或身為資深粉絲，也能享受本作體驗——由於山姆斯在《超級銀河戰士》中進入了異次元維度，任天堂表示「希望在不影響2D《超級銀河》系列的前提下，為《超級銀河戰士Prime》開闢一個自由而原創的舞台」。
值得強調的是，本作是首部時間線設定於《超級銀河戰士》之後的《銀河戰士Prime》系列作品。此前，《銀河戰士Prime》三部曲、《銀河戰士：獵人》及《銀河戰士：聯邦力量》均發生在初代《銀河戰士》（含《銀河戰士：零點任務》重製版）與《銀河戰士2》之間。
