武器第三詞條"秘能"需消耗特定材料解鎖。本作新增"強化鋼"機制，低階武器無法直接繼承高階武器經驗，只能分解為通用素材。秘能分為◻類、⬡類、⚙類三種，另外，還會為大家介紹秘印的共鳴效果。
薩爾達無雙封印戰記秘能詞條與材料介紹
| 形狀 | 材料 | 數量 | 效果 |
| ◻ | 生命蜥蜴 | 10 | 增加一條必殺技量表(上限3條) |
| 萊尼爾的刃角 | 3 | 迴避性能提升10% | |
| 冷氣果 | 15 | 普通攻擊的最後一下會帶有冰 | |
| 火焰果 | 15 | 普通攻擊的最後一下會帶有火 | |
| 水之果 | 15 | 普通攻擊的最後一下會帶有水 | |
| 電流果 | 15 | 普通攻擊的最後一下會帶有雷 | |
| 閃耀果 | 15 | 普通攻擊的最後一下會帶有光 | |
| 克洛格的葉子 | 15 | 普通攻擊的最後一下會帶有風 | |
| 炸彈花 | 20 | 普通攻擊的最後一下會產生爆炸 | |
| 藍寶石 | 3 | 有一定機率進行自動防禦並使敵人凍結 | |
| 紅寶石 | 3 | 有一定機率進行自動防禦並使敵人起火 | |
| 黃玉 | 3 | 有一定機率進行自動防禦並使敵人觸電 | |
| 蝙蝠的眼珠 | 10 | 有一定機率讓普通攻擊的最後一下命中弱點 | |
| 冰蝙蝠的眼珠 | 5 | 有一定機率讓普通攻擊的最後一下以冰屬性命中弱點 | |
| 火蝙蝠的眼珠 | 5 | 有一定機率讓普通攻擊的最後一下以火屬性命中弱點 | |
| 電蝙蝠的眼珠 | 5 | 有一定機率讓普通攻擊的最後一下以雷屬性命中弱點 | |
| ⬡ | 寧靜公主 | 20 | 打倒敵人時，恢復部分心心 |
| 精力草 | 20 | 瀕死時會緩緩累積必殺技量表 | |
| 西諾克斯的指甲 | 5 | 延長弱點量表的顯示時間 | |
| 吉波得的肝臟 | 10 | 吸收一部分造成的傷害，用以恢復心心 | |
| 藍鬃萊尼爾的刃角 | 2 | 打倒強敵時有一定機率讓各量表全滿 | |
| ⚙ | 潛行蘑菇 | 20 | 有一定機率一擊打倒弱小的敵人 |
| 莫爾德拉吉克的背鰭 | 1 | 反擊危險攻擊後一定時間內傷害提升30% |
共鳴
2個形狀相同 5攻
4個形狀相同 15攻
最高攻擊力2個 4個=20攻
擴展內容：
遊戲內，所有武器的第三詞條「秘能」需玩家使用特定材料解鎖;此外，本作武器強化系統與前作的關鍵差異是新增了「強化鋼」機制——舊作中低等武器可直接吞噬高等武器繼承全部經驗，而現在只能將其分解為不保留經驗的「鋼」，因此玩家無法隨意升級武器，一旦更換，原武器便只能作為通用素材或移交他人使用。
