自《薩爾達傳說》系列誕生以來，其時間線設定就一直讓玩家困惑不已。網上常年爭論不休：各代作品在時間線中處於什麼位置，它們究竟分屬於哪條分支時間線。
本次Switch 2版《薩爾達傳說：時之笛》重製版的開發團隊十分年輕，甚至有部分開發者坦言從未玩過原作。按常理來說，團隊大概率會被大量時間線相關的問題困擾。但監製本作的系列製作人青沼英二，用一句建議就給團隊簡化了思路：只管「專注做好這款遊戲」。
《薩爾達傳說》的世界觀拆分為多條時間線。「創世與早期時代」篇章講述海拉魯大陸的起源，涵蓋《御天之劍》《時之笛》等作品。而《時之笛》的劇情，更是將整個系列進一步拆分出三條時間線：
- 戰敗線：包含《眾神的三角神力》《織夢島》初代《薩爾達傳說》《智慧的再現》等作品。
- 少年線：包含《姆吉拉的假面》《黃昏公主》《四人之劍+》。
- 成年線：包含《風之杖》《幻影沙漏》《大地的汽笛》。
後續的《曠野之息》與《王國之淚》則將這些時間線重新收束，講述了一段流傳久遠的傳說。整個時間線體系本就十分繁雜，青沼英二在接受Game Informer採訪時透露，由於開發團隊多是新人，項目推進期間他收到了很多相關的疑問。
他表示：「挺有意思的，團隊成員有時候會問我，要不要在遊戲裡加入一些呼應時間線的彩蛋，或是致敬其他作品的內容。但每次我都會告訴他們：不用，我們就專注做好這一作，盡全力打造出最好的《時之笛》重製版就夠了。時間線我們當然心裡有數，但我們不會刻意在本作里加入這類直白的聯動和致敬。」
開發薩爾達遊戲固然要考量時間線設定，但對重製版而言，這個開發邏輯完全站得住腳。本次重製團隊的核心工作，是翻新這個劇情獨立完整、時間線定位早已明確的經典作品。他們無需糾結前後作品的因果關聯，只需盡全力打磨出最優的遊戲版本，而從成品來看，他們顯然做到了。
