熔岩團/水艦隊
這是寶石版的兩個對立組織，是否算邪惡組織取決於主角選擇進行遊戲的版本，在藍寶石和阿爾法藍寶石版本里熔岩團會幫助主角打水艦隊，反之就是水艦隊幫助主角。
而綠寶石版本中主角會同時和兩個組織進行交戰。
熔岩團的出發點是人類，他們想要喚醒固拉多幫助人類擴大陸地面積，而水艦隊為了保護水族所以要讓蓋歐卡擴大海洋面積。
動畫中劇情大差不差，都是兩個組織在互撕，只不過皮卡丘意外的和藍色寶珠融合了，來了一波原始回歸。在固拉多VS蓋歐卡！（前篇）和固拉多VS蓋歐卡！（後篇）中，面臨他們所追尋的兩隻超古代寶可夢之間毀滅性的衝突，兩個組織長久以來的對立終於得以解除，並且在主系列動畫中這兩個團後面就解散了，哪怕是三代復刻也沒有他們的劇情，是真正意義上的改邪歸正了。
與海洋隊老大水梧桐相比，熔岩隊老大赤焰松鮮少參與戰鬥，更多的是驅使其部下代勞。一般火村負責監督隊員行動，另一位幹部火雁則未在動畫中登場。
