《薩爾達傳說：時之笛 重製版》對部分跨作品彩蛋做了取捨。城堡庭院窗邊的瑪利歐、耀西等任天堂角色畫像不再保留，3DS版中散布在城堡鎮、牧場與格魯德要塞的《御天之劍》宣傳圖也未延續到新版。
系列製作人青沼英二表示，原版加入這些彩蛋時團隊態度更輕鬆，並未覺得會造成干擾;但重製版畫面表現與世界塑造更完整，玩家在場景里突然看到「為什麼這裡有耀西」，反而可能中斷對海拉魯的沉浸。團隊因此選擇不原樣保留無關聯動，把重心放在「做出最好的《時之笛》」。
刪減並非一刀切。Talon與Malon服飾上的庫巴徽飾屬於角色原始設計的一部分，在重製版中高清保留;製作組按「是否貼合角色與場景」逐項判斷，而非全面清除聯動元素。
《時之笛 重製版》移除瑪利歐彩蛋，青沼英二稱為避免打斷世界沉浸感
