在《數碼寶貝物語 時空異客》中，遊戲內一共存在三處咖啡店。第一家是秘密之家咖啡店，位置在秋葉原中央廣場角落。第二加載中澤美食咖啡店，位置在東新宿甲州街道交叉口北部。此外新宿站周邊部分任務路線涉及咖啡館或類似場景。
《數碼寶貝物語時空異客》咖啡店位置
第一家：秘密之家咖啡店
位置：秋葉原中央廣場角落（原扭曲區域入口附近）
解鎖方式：擊敗BOSS後返回該區域，會出現NPC店員，對話後可進入隱藏空間
第二家：中澤美食咖啡店
位置：東新宿甲州街道交叉口北部
任務關聯：All eyes on me任務中第5個靈魂碎片放置於此
其他咖啡館相關地點
新宿站周邊：部分任務路線涉及咖啡館或類似場景（如時空異客任務中需前往新宿站十番町十字路口
