《地鐵》系列遊戲向來以其獨特的隱藏「業力點數」系統著稱。在《地鐵2033》《最後的曙光》和《地鐵：離去》中，主角阿爾喬姆的各類主動及被動行為均會累積業力點數，這套系統全程在後台靜默運行，不對玩家顯示，旨在引導玩家逐步理解地鐵世界、其中的民眾以及籠罩廢土的種種異象。新作《地鐵2039》將帶領玩家重返地鐵系統，但此次主角換為一名名為「異鄉人」的流亡者，他歸來的世界已被奉行法西斯主義的集權派系「新帝國」所掌控。
隨著世界觀的全面重塑，4A Games也調整了玩家感知與看待世界的方式。執行製作人喬恩·布洛赫表示，前作的核心主題始終圍繞「阻止戰爭」，道德觀也處於灰色地帶，但在《地鐵2039》中，團隊希望道德邊界變得清晰明確，因為「這裡沒有希望，沒有未來——除了元首承諾會帶來的那個」。他補充道，本作探討的是戰爭已然降臨後的後果，而並非阻止戰爭本身。
針對這一道德觀的轉變是否會影響業力系統的設計，布洛赫確認，該系統依然存在，但運作方式會根據敘事需求進行相應調整。他透露，每一代作品都會以不同的方式落地業力系統這一核心概念，行為必有後果的主旨始終不變，呈現方式則略有不同。不過，他未透露新作中系統的具體形式，也未說明哪些行為會影響主角的業力值。據試玩體驗來看，遊戲並未像前作那樣通過界面色調變化給予提示，即便玩家仔細聆聽對話、探索角落或非致命制服敵人也未見相關反饋。在這個更黑暗、更兇險的世界中，業力系統終將回歸，主角異鄉人不僅要推翻法西斯帝國，還需與自身過往的夢魘纏鬥，4A Games顯然又找到了一種獨特的方式來詮釋道德評判。
