Switch 2版《薩爾達傳說：時之笛》推出後，系列製作人青沼英二與本作製作人藤林秀麿介紹了重製思路。團隊利用新硬體改善畫面、操作、鏡頭控制和整體手感，同時保留原作創作者希望傳達的體驗。
項目最初源於《薩爾達傳說》40周年紀念企劃的相關討論，團隊隨後決定重製這部任天堂64時代的作品。青沼沒有透露明確的開發起始時間。重製工作以年輕成員為核心，青沼主要提供建議，並未規定唯一做法，希望他們能夠帶來自己的理解。
水之神殿體現了這套重製思路。玩家現在可以通過快捷操作切換鐵靴，自由鏡頭也有助於判斷空間關係。青沼將其稱為自己心目中最好的水之神殿版本。
團隊沒有刻意加入連接系列時間線的新彩蛋，而是優先完善遊戲本身。製作方希望重製版既能面向懷念原作的老玩家，也能讓習慣現代操作方式的新玩家順利上手。
部分演出也藉助新技術重新製作，其中包括遊戲結局。製作人希望藉此傳達原版當年受硬體限制、未能充分表現的情緒。
