《超級瑪利歐銀河》1代與2代已確認在任天堂Switch平台採用混合模擬與原生移植架構，與此前推出的《超級瑪利歐3D收藏輯》類似。這一發現由數據挖掘者OatmealDome公布，他指出，儘管遊戲代碼已重新編譯，可在Switch的CPU上原生運行，但圖形、音頻等元素仍通過任天堂內部名為Hagi的Wii模擬器運行。
據OatmealDome透露，該項目整體代號為「Comet」，其中《超級瑪利歐銀河》對應「Cosmo」，《超級瑪利歐銀河2》對應「Cosmo2」。這種方式與《皮克敏1 2》的Switch移植版所採用的架構一致——後者同樣將模擬與選擇性原生元素相結合，以在現代硬體上實現更流暢的運行效果。
然而，對於期待升級任天堂Switch 2的玩家而言，一個新問題出現了。專注於遊戲存檔的Twitter賬號Does It Play報道稱，在運行20.4.0版本固件的Switch 2硬體上，若不安裝首日補丁，《超級瑪利歐銀河》合集的實體版無法啟動。該賬號表示：「任天堂又這麼做了。《超級瑪利歐銀河》合集在Switch 2的20.4.0版本固件上，被人為限制無法通過卡帶運行。」
這一限制意味著，該合集或許能在初代Switch主機上正常運行，但Switch 2玩家需聯網下載更新後，才能遊玩這些遊戲。該問題凸顯了Does It Play一直關注的一個問題——該賬號記錄了那些若不更新軟體，便無法在新系統上原生運行的實體版遊戲。
對於渴望重溫《超級瑪利歐銀河》1代與2代的玩家來說，Switch版本仍可正常體驗，但Switch 2的兼容性需依賴更新這一點，為當前圍繞遊戲存檔與硬體過渡的爭議又增添了一層不滿。
