《赤血沙漠》最受玩家詬病的表示它那毫無邏輯的主線劇情故事。不過，在最新發布開發者日誌中，開發組提到將修改遊戲的主線劇情敘事節奏。這一舉措得到了知名遊戲設計師喬什·索耶的支持，他曾主導《異塵餘生：新維加斯》的開發工作。
索耶表示，在遊戲發售後修正劇情並非理想之舉，但總比承認錯誤卻無所作為要好。他指出，許多工作室願意花費數年時間調整平衡性與玩法，卻極少敢於修改敘事內容，即便玩家對故事感到不滿。
目前，關於如何修改主線劇情，Pearl Abyss選擇保密，但預計開發團隊將優化故事的呈現方式，重製主角克利夫對重要事件的反應，使整體敘事更加連貫。與此同時，工作室仍會繼續每周發布新內容的更新，並籌備未來的拓展內容。
