遊戲《寶可夢傳說za》與《寶可夢傳說 阿爾宙斯》在戰鬥系統、遊戲舞台、核心玩法等方面都有比較明顯的區別。前者適合渴望體驗更即時、更動作化的寶可夢戰鬥，對未來都市主題感興趣的玩家。
寶可夢傳說za和阿爾宙斯區別介紹
戰鬥系統
《寶可夢傳說 阿爾宙斯》：
雖然對傳統回合制進行了革新，採用了速度值影響出手順序的CTB制（類似《Final Fantasy X》），
並加入了「剛猛」/「迅疾」風格選項來改變招式威力和出手速度，但其底層邏輯仍是回合制。
戰鬥中你和寶可夢基本是「站樁輸出」。
《寶可夢傳說za》：則徹底轉向了實時動作戰鬥。
戰鬥中，訓練家和寶可夢都可以自由移動，你需要實時指揮寶可夢使出招式或進行閃避，甚至可以通過「召回」寶可夢來規避致命傷害。
招式不再有PP值限制，改為冷卻時間（Cooldowns）機制，戰鬥體驗更接近MMORPG或動作遊戲。
背景設定：兩者的背景設定和藝術風格差異很大。
《寶可夢傳說 阿爾宙斯》：故事發生在古代的洗翠地區（神奧地區的前身），主題是荒野探索和首次製作寶可夢圖鑑。整個世界充滿了未經雕琢的自然風貌。
《寶可夢傳說 Z-A》：則設定在未來的密阿雷市（卡洛斯地區的中心城市），聚焦於「都市再開發計劃」，旨在打造一個人類與寶可夢共存的理想都市。遊戲場景更具現代感和科技感。
