洛奇亞的爆誕
小智一行人因風暴流落至亞西亞島，正逢當地慶典。小智被選為「控制者」，需前往三聖島尋找寶藏以開啟慶典。與此同時，收藏家吉爾露太為喚醒洛奇亞，強行捕捉火焰鳥、閃電鳥和急凍鳥，引發三神鳥爭鬥，導致全球氣候崩潰。小智歷經艱險集齊寶藏，聖女芙蘆拉奏響洛奇亞之歌，這才平息神獸紛爭與惡劣天氣。洛奇亞現身，帶起洋流恢復世界平衡後離去，三神鳥回歸各自島嶼，世界重歸和平。
這部劇場版首次通過三神鳥與洛奇亞進行神獸大戰的場景，來強調人類、寶可夢與自然相互依存的主題，同時傳遞生態平衡重要性的主旨，一定程度批判了吉爾露太這類邪惡之人妄圖破壞自然的行為。此外宏大的畫面，氣勢磅礴的BGM也都讓這部劇場版錦上添花。
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本片初公開時的標題為幻之寶可夢 「Ｘ」爆誕。
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在原版海報上「幻之寶可夢 洛奇亞」的後方仍然保留有「Ｘ」字樣。
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在神秘的寶可夢X!!小智和小次郎都提到了他們在橘子群島見過洛奇亞。
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電影中的傳說提到，生活在亞西亞島三座神鳥島嶼的急凍鳥、閃電鳥和火焰鳥通過海洋創造了生命，只有這三隻特殊品種才可以被稱為冰之神、雷之神和火之神。
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根據主系列動畫劇情，當時小智在橘子群島是為了拿回ＧＳ球給大木博士，然而在電影最後小智見到大木博士時並未提及此事。
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在美版的劇情中，片尾芙蘆拉奏響的洛奇亞之歌不是是原版里的惑星の鼓動（行星的跳動）的旋律，而是譜寫了另外的旋律，還刪除了三聖鳥的叫聲。歌曲名也不是原版的英文翻譯，而是「From The Power Of One Score: The Legend Comes To Life」。
