據第三方公司Alinea Analytics統計，《深海迷航2》在發售後的五天內銷量已突破400萬套，營收超過1億美元，成為2026年Steam平台銷量增速最快的遊戲。
這個銷售速度是《赤血沙漠》的2倍、《惡靈古堡9》的2倍以及《殺戮尖塔2》的1.4倍。而在發售前，該作的Steam願望單數量就已超過550萬。
報告顯示，《深海迷航2》的銷量幾乎全部來自Steam平台，Xbox版本銷量不足10萬套，另有約240萬玩家通過Xbox Game Pass Ultimate訂閱服務遊玩。這與前作玩家主要集中在Steam的生態特徵相符。用戶畫像方面，本作吸引了35%的《深海迷航》初代玩家、34%的《幻獸帕魯》玩家以及28%的《英靈神殿》玩家。
儘管商業表現強勁，遊戲仍面臨一些爭議。開發商Unknown Worlds在近期發布的公開信中回應了玩家關於「增加直接攻擊魚類手段」的呼聲，表示不會提供直接殺死魚類的機制，因為這違背了遊戲的核心設計原則，但將對緩解工具和生物攻擊性進行平衡性調整。
此外，由於遊戲早期成功觸發了2.5億美元的獎金條款，已引發Unknown Worlds聯合創始人與發行商Krafton之間的法律糾紛，為項目的後續發展蒙上不確定性。
