在創作如今已成經典的《尼爾：機械紀元》時，編劇兼導演橫尾太郎其實並不知道該從何入手，於是他乾脆決定：要做一款比過去作品「更令人困惑」的遊戲，甚至「連自己都難以完全理解」。這也難怪遊戲裡會有26個結局以及複雜多變的劇情走向。
橫尾太郎在接受Archipel的採訪時談到自己的創作思路。他表示，每一次新作都希望從不同的起點開始。「《龍背上的騎兵》講述的是黑暗而暴力的故事，而《尼爾：偽裝者》的主題則圍繞悲傷展開。」
在《尼爾：機械紀元》中，他同樣想嘗試「不同的寫作方向」，但當時並沒有明確的目標。「我已經在《尼爾：偽裝者》中構建過一條能激發情感的劇情，所以這次想創造點不一樣的東西。」他的解決辦法是：「讓《尼爾：機械紀元》更令人困惑。」
橫尾太郎透露，最初的劇情框架是從角色「西蒙娜」開始的。「她是一位會在舞台上歌唱的巨大女性機器人。在《尼爾：偽裝者》中，你總是能理解戰鬥的理由，但這次我希望玩家無法產生共情。她為一個男人獻身，並用屍體裝飾自己。我加入了這種玩家無法代入的特質。《尼爾：機械紀元》的劇情推進中就包含了許多這種難以理解的情境。我希望寫出連我自己都難以把握的故事。」
不過，有意寫出「半晦澀」劇情並不是橫尾太郎唯一的獨特方法。他還笑稱，自己的寫作習慣是「先快速交出一部分進度給製作人看，然後再慢慢放緩」，或許是為了巧妙避免拖延症帶來的壓力。
