這是寶可夢於平成時代上映的最後一部劇場版。
這是寶可夢電影首次嘗試群像刻畫。
註：這是平行世界，不屬於任何一個TV的劇情，小智僅有一隻皮卡丘。
女主利莎放學後來到醫院給腳骨折的弟弟利庫送換洗衣物，利庫希望姐姐去抓一隻寶可夢，這對於從沒接觸過寶可夢的利莎來說是一件難事，但是在利庫的苦苦哀求之下，利莎還是心軟了，結果利庫的墨鏡觸發了。
另一邊，市長的女兒拉茹果想要去風之城舉辦的慶典，父親因為工作繁忙所以只能她自己去。
還有因為不明原因不讓寶可夢接觸自己的怪婆婆翡翠，
在街上發傳單沒有自信的研究者托里托，
以及帶著外甥女來遊玩的吹牛先生卡噶其，這些都是劇場版里的重要人物，他們都將在這座風之城展開一段故事。
此時真正的主角小智也來到了風之城。
主持人介紹了這座城市的歷史，原本這是片荒地，城鎮是被洛奇亞的風力建設起來的，所以叫做風之城，此外洛奇亞還在歷史上幫助人們熄滅過一次山火，可以說洛奇亞就是這座城市的守護神。
聽到了主持人的故事，卡噶其將這個故事改編了一番成功得到了外甥女的崇拜，但是這都是他瞎說的，他還說自己有一隻超強的寶可夢，當外甥女莉莉想看的時候他又找了個理由拒絕了，不過大叔玩遊戲還是很厲害的，一球擊中紅心幫助莉莉贏得皮皮玩偶，興奮的莉莉沒看路撞到了利莎，之後莉莉得知利莎在尋找稀有寶可夢，於是問舅舅卡噶其，卡噶其哪裡知道，隨便一指說是後山有，於是十分感激。
拉茹果神秘兮兮的想跑到一個地方，但是過於匆忙撞翻了一輛裝滿檸檬的拖車，這下無法做檸檬汁的少年很生氣，想要教訓拉茹果，但是被趕來的小智勸住，皮卡丘直接秒殺了對方的小小象趕走了他們，拉茹果給小智指了會場的方向然後朝著反方向走了。
等小智趕到會場正好在播放收服大賽的消息，小智自然是躍躍欲試。
托里托沒能發出傳單，也沒能找到能夠演講的人，這讓同事很失望，他自己也很自責，為什麼不能和卡噶其一樣自信。
而沒想到卡噶其也有了麻煩，剛才抓寶可夢大會的消息莉莉那邊也聽到了，在莉莉的強烈要求下，卡噶其又不懂收服，只得先答應下來然後想別的辦法，卡噶其於是找到托里托覺得他作為寶可夢研究者一定非常了解收服的手段，於是兩人達成交易，卡噶其以幫托里托演講為條件，向托里托借寶可夢參加比賽。
在托里托的語音指導下，卡噶其一路高歌猛進積分遙遙領先，但是卡噶其有點累了，休息途中看見一隻被哥達鴨攻擊的胡說樹，胡說樹的自我欺騙行為讓卡噶其看不下去了，於是丟球抓了哥達鴨，再告訴胡說樹不要欺騙自己，大叔從胡說樹身上看到了自己的影子。
有了托里托的幫助，卡噶其輕鬆拿到冠軍，而小智之前平息了搗亂的班吉拉，市長也給他頒布了特別獎。
在獲獎感言中，卡噶其稀里糊塗說出了後山有稀有寶可夢的「錯誤情報」，但是這對於拉茹果來說似乎是真的。
拉茹果一路小跑來到了郊區，就是卡噶其說的那片後山，來到一處廢墟中拿出了食物，但是給予對象並不願露臉，在拉茹果迴避時才出現。
這隻寶可夢還不知道因為卡噶其的口胡，將要陷入危險。
活動結束，天色漸晚，卡噶其帶著莉莉回家，之前被幫助的胡說樹跟了過來，卡噶其表面上不開心，實際上也沒有阻止。
托里托在研究所給海星星療傷，也鬆了一口氣，明天的演講有著落了。
利莎那邊可不順利，後山找了一圈根本沒有伊布，並且還被巡邏員趕走，表示伊布不存在於後山，而且告訴她被騙了，伊布不是什麼稀有寶可夢，爛大街的。
利莎在電梯遇到了小智，她認為捕捉大賽亞軍一定能幫助她，小智和皮卡丘也樂意幫忙，很快找到了一隻野生伊布，在小智的指導下利莎指揮皮卡丘擊敗了伊布，然後成功收服了它。
然後小智和利莎敞開心扉聊天，得知利莎曾經是跑步冠軍，但是後來因為傷病退役了，在小智的鼓勵下利莎似乎又有了信心。
兩人來到廣場，利莎看見卡噶其大叔，上去理論，但是大叔為了維持在外甥女面前的形象，希望利莎不要戳穿他，廣場上眾人得知會場被人破壞了，小智提議大家幫助修復，儘快恢復節日氣氛。
因為意外被留下來打掃的卡噶其沒能來得及去幫托里托進行演講，卡噶其的緊張行為卻被利莎以為他就是破壞現場的兇手，所以卡噶其一直沒法抽身去演講，另一邊托里托拿錯了磁卡，把之前他幫助卡噶其比賽的語音影片給放了出來，這下卡噶其的謊言被外放，所有人都得知了卡噶其的真面目，而感受到欺騙的莉莉哭了，而本就身體不好的莉莉受到這個打擊再一次住進了醫院，卡噶其自責不已。
同時怪婆婆注意到研究所里有動靜，正是之前破壞會場的始作俑者火箭隊三人組，他們這回又在搞事，一片混亂中利莎的伊布被人群踩傷，托里托和怪婆婆立刻過來幫忙，先進行緊急治療後送往精靈中心，結果好巧不巧，喬伊說伊布傷到了腳，和主人利莎曾經一樣。
這回的事件後全員自閉，唯一開心的就是火箭隊，我沒懂火箭隊這波單純搞破壞是為了什麽，也沒抓寶可夢。
第二天眾人醒過來發現風之城的風車都停了，風之城沒了風那還舉辦什麼風節？
沮喪的情緒感染到了越來越多的人。
小智從市長這裡了解到，洛奇亞是以聖火為標記送風的，但是現在聖火沒了洛奇亞不會送風過來，如果一天沒風，整個城市將會癱瘓。
此時之前卡噶其的獲獎宣言的惡果開始具象化，寶可夢獵人來到了後山捕捉寶可夢，並且找到了捷拉奧拉這一幻獸，幻獸誰不想要？為了保護拉茹果和其他寶可夢，帶傷作戰的捷拉奧拉被倆路人秒了，這麼垃圾的幻獸也是少見。
就在捷拉奧拉要被抓走的關鍵時刻，小智和皮卡丘趕到，保護了拉茹果，同時其他重要角色也來了，寶可夢獵人看勢頭不好就跑了，值得一提的是小智等人並沒有把他們繩之以法，他們在之前已經抓了一堆寶可夢，應該是唯一一次寶可夢獵人成功跑路的案例。
他們之所以來到這裡，是因為托里托利用圖圖犬墨水的蹤跡找了過來，發現聖火是被拉茹果偷到了這裡，之前捷拉奧拉救了拉茹果一命，拉茹果聽到之前卡噶其的口胡覺得會有很多人來後山抓寶可夢，這樣捷拉奧拉有被抓走的風險，於是拉茹果覺得偷走了聖火然後風節無法繼續那麼人們就不會來到後山了，不得不說這小孩的思想太不成熟了，她不知道聖火對於整座城市的重要性，而且偷獵者不會因為不舉辦風節就不來後山。
鎮長告訴了拉茹果捷拉奧拉詛咒的真相，就是為了保證沒人進入後山，從而給捷拉奧拉和寶可夢們一片世外桃源。
而此時之前火箭隊奪走的孢子藥劑爆炸了，煙幕直接在山間瀰漫開來，因為沒有風，煙霧直接進城，居民也深受其害，小智表示沒辦法現在只能靠他們幾個和寶可夢了。
接著眾人分工，老婆婆去廢棄的發電廠重啟發動機產生風，托里托研究解藥，其他人去幫助野生寶可夢。
哦對了，卡噶其還在城市裡，可能他體質比較好，完全沒事，在胡說樹的勸說下，他收服了胡說樹前去幫助莉莉和妹妹米婭。
眾人在危急關頭紛紛克服了原本不敢做的事，托里托勇敢的請求同事幫忙，捷拉奧拉再一次選擇相信人類，利莎再一次拿著聖火跑了起來，老婆婆也想起了以前寶可夢布魯的死，這就是她拒絕接觸寶可夢的原因，她這一次和寶可夢一起開闢了道路前往發電廠。
最終解藥被研發出來，發電廠風車手動開啟，解藥通過卡噶其的關鍵一投送了出去，
在眾人的合力之下，煙霧吹散，利莎也把聖火放回原位。
此時洛奇亞才出現，露了個臉就走了。
事件解決，大團圓，劇場版到此結束，說是洛奇亞祈其實就這麼10秒鐘不到。
雖說劇情推動過於強行，但是這種群像劇能夠串起來就很不容易了，算優秀劇場版。
