故事發生在鄉下，名叫小浩的男主拿著相冊的照片辨認著野外的寶可夢，正當他看的入迷時，媽媽的呼喚打斷了他的觀察行為，原來小浩正跟著父母在往家裡走，小浩被媽媽一喊急忙跟上，卻沒注意走錯了岔路，被媽媽吐槽回家的路都記不住，但關於寶可夢的事情卻記得格外清楚。
當小浩即將抵達房子時，頭上飛過幾只盔甲鳥，盔甲鳥身體反射陽光後的光澤讓小浩隱隱約約想起什麼，但這段記憶非常模糊，心中有股莫名的悸動。不過現在小浩也沒功夫想這些，進入屋子，看見自家養的寶可夢，一時手癢就上手摸，卻把膽小敏感的火球鼠搞應激了，雖說有長尾怪手主動湊上來和小浩擊掌，但小浩也沒了興致。
小浩來到自己的房間，看著這個熟悉又陌生的地方不知所措，從媽媽口中才得知原來小浩是剛剛出院回到家，之前很多事情都遺忘掉了，不過對於小浩而言有充足的時間回憶。小浩打開窗戶，剛打開窗子一隻帶著吊墜的黑暗鴉就朝著房間飛了過來，受到驚嚇的小浩趕緊關窗，窗外的黑暗鴉似乎非常激動的撞擊著窗戶，這讓小浩有些驚慌，一番拍打之後黑暗鴉一臉無奈的離開了。
等小浩從這鬧劇緩過來時，火球鼠和長尾怪手走進了房間，小浩向它倆訴說了自己因病失憶的事情，並試著重新和兩隻寶可夢建立友誼，從牆上照片不難看出原本他們應當是很好的朋友，在長尾怪手的幫助下，小浩很快和火球鼠重新建立了羈絆。
等到了飯點，小浩已經和家裡的寶可夢打成一片，父母看著恢復元氣的兒子十分欣慰，相信他很快就能恢復全部的記憶。電視上播放著有關城都聯盟賽的資訊，對於曾經的夢想，小浩卻完全沒有印象了，這讓小浩又一次陷入了情緒低谷。
晚上小浩獨自一人開窗遠眺，回憶起早上的亮片和黑暗鴉，腦中的記憶突然串聯了起來，也顧不上通知父母，小浩穿了件外套就急急忙忙的往森林裡跑，夜晚的森林顯得更加陰森恐怖，一些夜行性的寶可夢也變得活躍起來，小浩嘴上說著不怕，實際腳步已經變得雜亂無章，一個沒注意腳下就被樹根絆倒，萬幸的是長尾怪手用尾巴扶住了小浩，一起來的還有火球鼠，火球鼠讓背部火焰燃燒，點亮了一小片區域，有了自家寶可夢的陪伴，小浩就有了前進的底氣。
根據記憶片段穿越樹林來到了一個山洞前，小浩毫不猶豫走了進去，洞中看到一些熟悉的小物件，其中一個盒子裡更是有小浩和黑暗鴉的合照，這就不難理解早上黑暗鴉為什麽見到小浩這麼激動了，原來他們早就是朋友了！恰好此時聽到外面黑暗鴉的叫聲，小浩趕緊跑出來，看到一群喵喵正在打劫黑暗鴉，試圖搶走它的吊墜。這副場景讓小浩想起了和黑暗鴉的初遇，他們倆因為一塊發光亮片（其實是盔甲鳥的羽毛）而爭搶，後來被盔甲鳥趕進了山洞，之後小浩用盔甲鳥羽毛製作了吊墜分給了黑暗鴉，並且把這個山洞當做他和黑暗鴉的秘密基地，雙方很快成為了好朋友，並且小浩在山洞中與黑暗鴉做了約定，之後一定要一起出去旅行收集真正的徽章。原來在小浩生病住院的那段時間，黑暗鴉一直等著小浩回來，只是小浩一時失憶忘掉了黑暗鴉這才鬧了個烏龍。
重拾記憶的小浩為了回應黑暗鴉的情感，與火球鼠長尾怪手一起趕走了喵喵群，救出了黑暗鴉，面對仍然虎視眈眈的喵喵群，小浩指揮黑暗鴉使用起飛一口氣將所有喵喵全部吹飛！戰鬥結束後小浩將掛墜重新系在黑暗鴉脖子上，黑暗鴉高興的在空中盤旋，小浩想著這一次一定要和黑暗鴉開始一場真正的旅行！
