《寶可夢傳說Z-A》採用了一個全新的實時對戰系統,不過作為《寶可夢傳說》系列的新作,本作也同樣取消了特性。不過GameFreak對於對戰系統的嘗試很徹底,連前作取消的玩家對戰也加入了回來。今天官方公開了《寶可夢傳說Z-A》名為「Z-A對戰俱樂部」(Z-A Battle Club)的玩家4人對戰玩法。
根據GameFreak官方介紹在《寶可夢傳說Z-A》的「Z-A對戰俱樂部」玩法中玩家可以使用3隻寶可夢在線上與最多3名玩家進行對戰,4名玩家並非2V2組隊戰,而是彼此1V3的大混戰。玩家可以隨時替換寶可夢,可以使用超級進化,並且寶可夢本身被擊敗後也可以繼續上場。每局對戰限時3分鐘,以擊敗寶可夢數量多少定勝負。玩家對戰結束將會獲得對應的獎勵。
「Z-A對戰俱樂部」也採用了天梯積分制,玩家可以通過對戰獲得積分,自初始Z級提升至頂點的A級。每個賽季結束,也會根據玩家等級提供額外獎勵,同時每個賽季的獎勵也不同。