據任天堂「Ask the Developer」最新訪談，重製版音樂規模之所以從原版的百餘首激增至150首以上，核心原因是遊戲新增了大量過場動畫，團隊為此專門譜寫了新曲。但大橋征人強調，新曲必須讓老玩家感到「熟悉」——例如在科奇里森林的場景中，新音樂直接化用了原版森林BGM的動機，重新編曲以貼合畫面情緒。
真正讓開發團隊驚訝的是大橋對「管弦樂」的處理方式。他分析原版BGM後發現，《時之笛》的配樂本身就通過作曲結構而非音量變化來傳達場景規模和節奏切換。因此，重製版並沒有對每首曲子都動用完整管弦樂團：宏大的主題曲全力釋放交響樂的衝擊力，而室內、日常等樸素場景則刻意限制樂器編制，保留原曲的簡潔質感。
更「大膽」的一步是，部分曲目在現場管弦樂錄音中，直接混入了對N64原版音色的忠實復刻。大橋征人澄清，團隊並非直接採樣N64的音訊輸出，而是以當年的音源為參考，重新製作了部分聲音，目的是「做只有任天堂才能做到的事」，喚醒玩家28年前的記憶。聯合製作人藤林秀麿回憶，第一次聽到《林克的家》BGM里混入那種熟悉的「電子味」時，他忍不住確認：「真的要用這個版本嗎?」但成品完成後，他認為那種時代感讓重製版擁有了不同於「現代風重製」的獨特質地。
此外，大橋征人還確認，遊戲中的時之笛曲目全部來自真實陶笛的錄音，能聽到真實的氣聲質感;Switch 2版更支持5.1聲道環繞聲，即便只用耳機也能在科奇里森林等場景中感受到更立體的環境音。
