《薩爾達：時之笛 重製版》呈現十五項變化，涵蓋角色配音、操作方式、場景探索、畫面細節和地圖布局。關鍵角色及重要過場將採用完整配音，但林克仍然保持沉默。
薩爾達、蓋儂多夫和薩莉亞等角色都會開口說話。娜薇的日語配音水橋香織時隔28年回歸，英語版則因對白擴充啟用新配音。操作方面，玩家可以主動控制林克跳躍，游泳動作也更加流暢，不過仍受呼吸限制。
城鎮及聚落內部取消了進出建築時的讀取畫面，海拉魯城下町增加居民、商人和旅行者，NPC之間也會出現更多互動。鏡頭現可自由旋轉，材質、天氣、植被和服裝細節均有所提升。
新增的「時間之線」會通過不斷延展的掛毯記錄劇情、成就和當前任務，減少玩家對螢幕路標的依賴。海拉魯平原的地形、河道、遺蹟以及隆隆牧場布局也經過調整。
其他變化包括將真實之鏡改成林克實際佩戴的護目鏡、允許把鐵靴映射至十字鍵，以及跳過陶笛演奏動畫。林克演奏時的手指動作還會對應音符。此外，Switch 2版容量據稱約為24.54GB，原版與3DS版則分別約為32MB和512MB。
