《神界原罪2》的六個結局各有特色。兩個特殊結局尤其引人關注，平分神權（特殊）意味著各方勢力共同分享權力，構建新的平衡；延續永恆（特殊）或許寓意著某種不朽的秩序得以維持。
神界原罪2有幾個結局
平分神權
隊伍中不能有洛許，因其任務是殺掉醫生，所有橋段皆會指向這一劇情。
若以費恩為主角，還有必要條件，即費恩不能宣誓神王。
延續永恆
結局是費恩為主角時的獨立結局。費恩可在無名島時投靠黑環（詳見支線「薄情寡義」），殺掉所有隊友。
也能在最後進入達利斯、盧西安、布雷克斯的「口水大戰」之前，殺掉所有隊友來博得神王信任。
放棄神性
結局中，玩家無論怎樣放棄神性，最終回到被修復的復仇女神號，都會遭到NPC和隊友的唾罵與指責。
一統神界
玩家會化身為新一代神的形象，繼續對抗神王。
眾生平等
玩家把神性分享給天下人，然而隨著時間推移，源力者之間產生各種紛爭，天下再度陷入不太平。
禁用源力
結局要求主角成為淨化源力者，禁止天下所有人使用源力，所有源力被封印到虛空之中；
神王的力量因此被大大削弱，馬拉迪嘗試把主角從淨化中救出來，此時天下就只剩主角一個源力者。
