雖然《潛龍諜影3：重製版》旨在喚起人們對原版遊戲的美好回憶，但該系列的製作人岡村憲明希望確保它不會像一款20年前的遊戲。
在《Play》雜誌第46期中，《潛龍諜影3：重製版》製作人岡村憲明分享了自己對遊戲的看法，他解釋到：「我們重製這款遊戲的全部目標是確保它仍然像你20年前玩的遊戲一樣，但又不會讓你覺得它是一款老遊戲。」
最初，岡村憲明認為遊戲只需要升級圖像，但在使用更現代的視覺效果觀看遊戲時，團隊注意到「有些元素與新圖像不能很好地融合在一起。」對於岡村憲明來說，簡單地更新圖像可能會失去一些原始遊戲的感覺，他希望玩家覺得雖然視覺效果是新的，但這仍然是他們記憶中的遊戲。
在岡村憲明看來，遊戲的控制也需要更新。對於那些想要使用它們的人來說，經典的控制布局仍然是可用的，但一個「新型」的控制系統將使遊戲與系列的最新作品保持一致。簡而言之，這樣做的目的是讓老粉絲們感受到記憶中它的樣子，但又不會讓它顯得老舊和笨重，讓玩家比在原版遊戲中更加無縫地控制斯內克。
岡村憲明還補充表示：「我們不想做任何不必要的改變，讓人們失去那種體驗。但與此同時，我們需要確保玩家在玩遊戲時不會覺得遊戲陳舊，就像他們在玩一款老遊戲。（我們）確保當你玩這款遊戲時，它在控制方面仍然與一些更現代的遊戲相當，並且不會影響玩家的體驗。」
