《刺客教條：暗影者》已確定將採用雙主角：忍者直江和武士彌助，而歷史上有不少多主角遊戲會強制玩家在特定流程切換到對應主角進行體驗，而本作是否會有相似的處理？對此，育碧在最近的採訪中做出了回應：不。
「如果你只想扮演一個角色，在遊戲的大部分時間裡都可以。我們並沒有強迫任何人來回切換。」根據本作總監的說法，玩家甚至可以在《刺客教條：暗影者》的絕大部分流程中只扮演兩位主角中的一位。
育碧還表示，某些任務最好由兩個角色其中的一個來完成。不過，他們不會強迫玩家去發揮角色優勢。例如，基於潛行的任務仍然可以由彌助來完成。同樣，直江也可以正面應對衝突。
