據在10月16日正式發售前的最新泄露消息，《寶可夢傳說 Z-A》將強制啟用自動存檔功能，且玩家無法手動關閉。這一改動也許會引發部分玩家的不滿，尤其是那些希望通過反覆重置存檔捕捉特定閃光寶可夢的訓練家。
自動存檔功能在角色扮演遊戲中已十分常見，並被廣泛應用於任天堂旗下的多款作品中，例如《薩爾達傳說：曠野之息》。在《寶可夢：劍/盾》中，自動存檔首次被引入該系列，並默認開啟，但玩家仍可選擇關閉並使用手動存檔。之後的《寶可夢：朱/紫》同樣採用了自動存檔機制，且在聯網、交換寶可夢或進行太晶團體戰等活動時會自動保存進度。
然而，根據寶可夢情報賬號Centro在社交平台X上的爆料，《寶可夢傳說 Z-A》將取消關閉自動存檔的選項。玩家可調整的設置僅限於文字顯示速度、小地圖旋轉方向與手柄震動功能。雖然目前尚不清楚遊戲的自動存檔頻率，但該設計已在社交媒體上引發爭議。部分玩家指出，這將嚴重影響「閃光寶可夢」獵捕流程，也讓通過「軟重置」來獲取理想初始寶可夢屬性的方式變得更加困難，因為玩家可能不得不反覆創建新的存檔文件。
Ok this is a big change and will be controversial:
— Centro LEAKS (@CentroLeaks) October 12, 2025
You can no longer disable Auto-Save pic.twitter.com/PzdnsK9z8P
此次泄露源於部分玩家在發售日前獲取了遊戲實體版，同時，由於數字預購玩家已可在Nintendo eShop上預載遊戲，數據挖掘工作也已展開。據悉，《寶可夢傳說 Z-A》的Nintendo Switch 2版本至少需要7.7GB存儲空間。
除了自動存檔機制外，《寶可夢傳說 Z-A》在能力強化與削弱系統上的改動也引發部分爭議。至於開發團隊是否會在後續更新中允許玩家重新選擇是否開啟自動存檔，目前尚不得而知。
