就像同樣是熱門合作遊戲的《絕地戰兵2》一樣，《戰錘40K：星際戰士2》也藉由 Nexus Mods 為玩家提供了大量的選擇，並且也獲得了遊戲總監 Dmitriy Grigorenko 的支持，但它也為遊戲造成了麻煩。最近官方確認，遊戲將在 12 月發布的下一次重大更新內禁止玩家在公共在線遊戲中使用模組。
在 Steam 上，Grigorenko 在更新中寫道：「我們的數據顯示，最近出現的伺服器穩定性問題中有很大一部分與 Mod 有關，而且這種不穩定性甚至影響了那些沒有安裝 Mod 的用戶。」
「我們還收到用戶報告，稱他們的存檔文件在與帶 Mod 的玩家聯機後被損壞。」
因此，12 月更新上線後安裝了 Mod 的《星際戰士2》玩家將不再允許進行公開遊戲，但同時官方依然允許私人大廳使用 Mod。總監寫道：「我們將繼續提供（為 Mod 玩家）提供所有的伺服器基礎設施，以便您可以與朋友一起在線玩有 Mod 的遊戲。一旦我們添加了自定義的永恆戰爭大廳（PvP），Mod 也將適用於它們。」
開發團隊還承諾將為 Mod 提供更加簡單的後端入口，以及更好的 Mod 工具。Grigorenko 寫道：「我們將向 Mod 製作者發布一些工具，以便他們可以更輕鬆地開發 Mod。」他目前並沒有提供這些工具將如何或何時發布的具體細節。
