說起巴別塔這個架空組織，其實是貫穿《明日方舟》塔防手遊主線劇情的一個重要組成部分，它的已知成員有凱爾希、博士（玩家扮演）、可露希爾、特蕾西婭、Scout、阿米婭（王儲）、阿斯卡綸、ACE、Logos、Mantra等。巴別塔曾參加過薩卡茲內戰，因卡茲戴爾的王位競爭者特蕾西婭死亡而解體。在最新同名sidestory「巴別塔」中，策劃又填了不少坑，讓玩家們對於這個組織有了更深的認識。
有大佬就把巴別塔在遊戲中的劇情按照泰拉時間線梳理了一下，這樣可以理解的更透徹。
時間線來到898年的冬天，以勒什死亡、魂靈熔爐崩毀，卡茲戴爾再次覆滅。後來特雷西斯與特蕾西婭同時被王冠選中，特雷西斯認為特蕾西婭更適合給薩卡茲帶來希望，指引薩卡茲的前進道路，而他會為薩卡茲開闢道路，並親手為特蕾西婭戴冠。
1030年秋，雙子決定組建「卡茲戴爾軍事委員會」，解放了疤痕商場的奴隸，要求疤痕商場領袖「疤眼」合作清楚部分反對軍事委員會的王庭貴族。特蕾西婭向特雷西斯提及組建「巴別塔」，特雷西斯表示不認同但支持，軍事委員會也會保護巴別塔。1068年秋，萊塔尼亞瓦瑟領選帝侯謀划進攻卡茲戴爾，聯繫拉特蘭被拉特蘭拒絕後獨自進攻。戰後一名瘋狂的薩卡茲被人利用，在城內殺死了一位巴別塔的萊塔尼亞醫生，燒毀整個醫療陣地，特雷西斯將其處刑，並要求特蕾西婭及巴別塔不再調查此事，軍事委員會與巴別塔關係開始嚴重惡化。
1086年之後，巴別塔與卡茲戴爾軍事委員會不斷爆發小規模衝突。期間，巴別塔在凱爾希的指引下在雷姆必拓地下發掘出了羅德島號陸行艦，進行了為期兩年的修繕，巴別塔也遷移至羅德島。1091年，薩卡茲內戰爆發，卡茲戴爾維持了200年的和平就此終結。凱爾希與特蕾西婭喚醒了羅德島內的博士。隨著博士的加入，戰局向巴別塔傾斜。期間，薩卡茲僱傭兵赫德雷小隊與巴別塔達成合作，W加入巴別塔。
1091年夏，博士帶阿米婭返回巴別塔，同年秋抵達，特蕾西婭親自迎接，博士開始幫助巴別塔，特蕾西婭向博士展示自己用源石所塑造的希望，博士眼裡卻是滅亡之路。
1091年冬，特雷西斯收到卡文迪許公爵邀請，準備前往倫蒂尼姆，特蕾西婭前去勸阻，失敗，薩卡茲內戰正式爆發，博士於一場防禦戰中以少勝多，開始取得巴別塔成員信任。
再後來就是內戰激化，同時博士以自己身體為材料研究源石病藥物，取得初步成果。博士因戰事與藥物研究身心俱疲而暈倒，特蕾西婭為了解博士而窺探記憶，得知源石的未來。
博士（嚴格來說是前博士）為了源石計劃能順利進行，暗中與特雷西斯達成了合作。在戰爭的最後時期，博士的指揮風格變得冷酷而激進。雖然一直在勝利，但巴別塔的力量不斷被削弱，其成員也不斷減少。終於，在1094年，特雷西斯率大軍進駐倫蒂尼姆，巴別塔在博士的指揮下全面進攻卡茲戴爾。雖然巴別塔甚至真的攻入了卡茲戴爾、將旗幟插回巴別塔舊址，但特雷西斯的刺客攻入在博士的安排下毫無防備的羅德島艦，擊殺了特蕾西婭。特蕾西婭臨死前將王冠權限移交阿米婭，並刪除博士記憶，在王冠中留下資訊，借阿米婭之口將自己的理想盡數託付給凱爾希。
