火影中鳴人不出現的情況下佩恩是否會毀滅木葉村？個人認為會，原因在於長門與木葉村之間的恩怨，曉組織最終計劃等等，下面具體說明一下。
原著中鳴人回到木葉村之前實際上佩恩已經把木葉村毀的差不多了，即使鳴人回到木葉村，村子也沒了需要重建。
佩恩襲擊木葉村的目的是收集九尾人柱力，但是這個階段鳴人在妙木山修行。為了獲取鳴人的準確位置，佩恩進入木葉村進行情報搜集工作。
結果遭到了木葉村劇烈抵抗，後面的內容實際上看過火影的小夥伴都清楚，無論鳴人是否回到木葉村，木葉村已經被佩恩利用神羅天征給毀的差不多了。
即使鳴人回到木葉村，雙方也是在木葉村廢墟上戰鬥而已。原著裡邊鳴人嘴遁長門成功以後木葉村其他村民和忍者為了重建家園付出了巨大的努力（例如大和的木遁三室兩廳之術）。
如果按照題目假設鳴人不會木葉村的話，佩恩為了獲得鳴人準確位置還是會繼續使用暴力手段威脅木葉村成員說出鳴人位置，這種情況下木葉村被摧毀基本上是無法規避掉的步驟。
曉組織最終目的的實現避免不了與五大忍者村的直接衝突，為了削弱正派勢力的實力，佩恩還是會藉助到木葉村搜尋九尾人柱力的機會儘量削弱木葉村的整體戰鬥力。
曉組織的成員和宇智波斑一樣都成為了黑絕復活輝夜的棋子之一，而黑化的長門想要實現無限月讀計劃改變原有的忍者世界格局，必然會與五大忍者村產生衝突。儘管曉組織已經收集了不少尾獸查克拉強化外道魔像的實力，同時還一直利用柱間細胞培育白絕。
但是如果有削弱五大忍者村實力的機會的話，個人認為佩恩是不會放棄的，畢竟如果正面硬碰硬的話曉組織硬實力和整個忍者世界對抗依舊處於下風，這種情況下佩恩自然是尋找機會削弱五大忍者村的戰鬥力→來木葉村搜集九尾人柱力就是難得的機會。
實際上如果只是單純搜集情報的話佩恩根本不需要花費太多精力在與木葉村忍者的對抗上面，完全可以依靠佩恩六道的特殊能力提高情報搜集成功率。
不過佩恩入侵木葉村的目的個人認為並不僅僅是抓鳴人，而是為後續曉組織和忍者世界正派勢力的對抗做準備，畢竟曉組織成員由於眾所周知的原因已經領盒飯的不少了，單純指望佩恩，小南和帶土加上絕就對抗忍者世界不現實。
這種情況下從佩恩的角度來說自然是尋找機會削弱木葉村的整體戰鬥力，如果單純是找鳴人的話，實際上佩恩已經提前得到了鳴人在妙木山的情報，完全沒有必要在木葉村搞破壞。
長門與木葉村存在私人恩怨，可以說長門早期悲慘的個人經歷與木葉村脫不了干係。既然有機會去木葉村搜尋九尾人柱力，自然要清算一下雙方的賬。
火影主世界按照岸本的設定一直是紛爭不斷各個國家之間經常由於利益衝突爆發戰爭，長門也經歷過這種情況。
而且由於木葉忍者的失誤把長門父母誤認為忍者導致長門父母雙亡，從長門的角度出發已經埋下了仇恨的種子。
而且由於類似於木葉村這樣大忍者村壓迫，導致類似於雨忍村這樣實力弱小的村子發展一直受到抑制。
長門黑化前的理想就是改變值這種狀態，結果木葉村團藏得知長門有輪迴眼之後居然設計圍剿長門成立的曉組織，也是導致長門黑化的導火索之一（團藏聯合山椒魚半藏綁架小南，導致長門好友彌彥自殺，長門暴走腿部失去行動能力）。
從長門的角度來說除了教自己本領的自來也以外對於木葉村整體印象並不好，木葉村曾經與雨忍村進行過戰爭，團藏也坑過長門。
現在機會來了長門自然想要復仇。找鳴人只是長門行動的藉口而已，不然也不會利用佩恩六道在木葉村大肆破壞。
在長門被鳴人嘴遁成功洗白之前可以說雙方的仇恨幾乎是無法化解的，長門失去父母，失去摯友的背後都有木葉村忍者的影子。
即使鳴人不回到木葉村躲在妙木山，長門從邏輯上來說依舊會選擇摧毀掉木葉村。畢竟除了掃除曉組織最終目的的實施障礙以外就是復仇了。更何況是處於黑化狀態的長門，此時不對木葉村出手更待何時呢？
最後總結一下，個人認為即使鳴人不回木葉村，佩恩依舊會摧毀掉木葉村。原因並不複雜：
①木葉村在鳴人從妙木山回歸以前已經被摧毀得差不多了。
②為了儘量提高曉組織最終目的成功率，佩恩需要找機會削弱五大忍者村的實力，來木葉村搜尋九尾人柱力就是一個很好的機會。
