《刺客教條：黑旗 同步重置》在重製遊戲畫面的同時，還增加了新主線與支線任務。在劇情上，開發商育碧新加坡創意總監Paul Fu表示《刺客教條：黑旗 同步重置》將添加一個全新的結局。同時其解釋刪除現代線是為了遊戲「現代化」。
Paul Fu表示《刺客教條：黑旗 同步重置》將添加一個名為「沒有黃金的世界」(A World Without Gold)結局章節，並增加一個新結局場景。這個結局章節由原版與重製版編劇達比·麥克德維特(Darby McDevitt)撰寫劇情，將包含一個重要角色的「感人故事」。從這個章節名稱看，這個重要角色的人選對老玩家來說並不陌生，而原版則是在最後階段才揭曉這一內容。將遊戲流程節奏更改很可能是為了銜接之後官方添加的海盜獵人「日後談」內容。
同時Paul Fu解釋刪除原版遊戲的現代線劇情是因為如今系列現代敘事風格已然大變，保留舊版現代劇情會顯得畫風割裂突兀。所以他們認為最正確的方式就是按照《刺客教條：暗影者》的「現代」製作思路。
