《潛龍諜影3：重製版》除了保留全部原版配音陣容以外，還將巧妙利用過去未使用過的舊片段加入全新台詞。
在最近一期的「潛龍諜影製作熱線」節目中，製作人岡村憲明確認：「遊戲的劇情和所有配音都將保持日文和英語原版，我們絕對沒有進行任何重新配音。」
唯一細微的改動來自於遊戲中角色為玩家提供的「有關如何操作的建議，尤其是按鍵操作」，這在潛行系列遊戲中是比較常見的設定。不過Konami開發者遇到了一個小問題，因為重製版除了「傳統」操作方式和顏色濾鏡之外，還擁有全新的操作方案，並且將會登陸各大主機平台。
岡村憲明表示：「其中一些台詞並不適用於現在的主機操作方式，這顯然是不行的。所以我們只針對這些台詞錄製了新版本。遺憾的是，部分原聲優已經離世或無法參與錄製，在這種情況下，我們首先確保獲得了他們的許可，然後利用他們現有的錄音片段拼湊出新台詞。」
主持人總結道：「任何與劇情相關的內容都不會改變，只是為了教導玩家正確的操作方式會有一些細微的差別。」
