現有任天堂Switch型號使用的microSD卡將無法兼容Switch 2，新一代主機僅支持microSD Express規格存儲。
若將普通microSD卡插入Switch 2，僅能查看截圖和影片，已安裝遊戲、DLC內容和存檔數據均無法訪問。
即將發布的Switch 2雖配備支持HDR和120Hz刷新率的螢幕，並具備4K塢站模式，但存儲卡兼容性的改變可能令用戶失望。儘管新主機可以讀取舊規格存儲卡，但僅支持microSD Express卡用於遊戲相關功能。
當前Switch全系機型（初代/Lite/OLED版）支持最大2TB的microSDXC卡，而Switch 2必須使用標有「microSD EX」或「microSD Express」的專用存儲卡。
任天堂表示可通過主機間數據傳輸功能遷移存檔，但需要同時持有新舊兩台設備。這對計劃以舊換新的玩家形成阻礙——除非訂閱任天堂Switch Online雲存檔服務，否則將永久丟失本地存檔。
價格方面，microSD Express卡較傳統存儲卡顯著更貴。任天堂確認將授權三星等品牌生產專用存儲卡，同時也支持第三方合格產品。
