如果被全世界的人說「你的理想錯了」，你會怎麼辦？
你會改變你的想法，聽取大家的意見嗎？還是說你會堅持你的理想？
本集故事發生在卡洛斯地區，在密阿雷市的廣場上，一個巨大的水晶體破土而出，這是犧牲無數寶可夢生命製造出來具有超強破壞力的機器「最終兵器」，現在它被閃焰團使用想要重置整個世界，不過目前最終兵器啟動必須需要巨大的能量。
閃焰團首領弗拉達利想要利用卡洛斯一級神的力量，但是主角卡勒姆又怎麼會讓弗拉達利得逞？這時候主角已經收服了哲爾尼亞斯，想要奪取力量就要進行對戰，弗拉達利也不知道哪來的勇氣，讓自己的暴鯉龍mega進化後就上場對戰，不mega好歹不被克制，mega後的暴鯉龍變成了水系惡系，剛好被妖精系的哲爾尼亞斯克制，果不其然，哲爾尼亞斯一發月爆就將暴鯉龍秒殺，這就是一級神的含金量！戰敗的弗拉達利氣急敗壞地砸碎了自己的眼鏡，而此時卡勒姆的同伴莎莉娜和莎娜趕來支援，這個莎莉娜和主系列動畫那個沒關係。
弗拉達利見大勢已去，無奈地跪倒在地，他回憶起和冠軍卡露尼還有博士的對話，他無法忍受逐漸骯髒的世界，他希望利用一種極端的手段去毀滅現在的世界，然後再製造一個新世界，至此他還覺得自己的做法沒有問題，已經陷入瘋狂的弗拉達利將機械臂中儲存的能量注入進了最終兵器內，試圖做最後一搏，只見兵器外殼打開，核心向著天空發出了強烈的光線，但是能量不夠光束最後落了下來，把閃焰團秘密基地給炸了，主角三人組此時已經和其他閃焰團成員逃離，只有弗拉達利和基地一起被摧毀了，想想也是非常諷刺。
最後畫面轉到了博士研究所，內鬼火天王帕琦拉在播報著弗拉達利留下的影像，他似乎仍然希望有後繼者來改變這個世界。
最終兵器和閃焰團團長的陰謀這些在動畫中都是被魔改掉的，終於讓大家看到了真正的X版本主線劇情。
這個系列奇數世代主角為女，偶數世代主角為男。
