《寶可夢傳說 Z-A》的戰鬥與以往的《寶可夢》系列不同，寶可夢不再是1回合行動1次，而是與訓練家一起移動，同時根據訓練家的指示使出招式。
除了屬性相剋，還有寶可夢的替換、招式選擇的時機、招式的範圍以及釋放的速度等全新遊戲機制，都為本作增添了前所未有的戰鬥樂趣，而這也是本作的精髓所在。
捕捉系統和阿爾宙斯傳說類似，而對戰系統和前代完全不同！本作對戰系統採用的是實時對戰，技能不再以PP值為限制而是以能量條的形式展現，攢足能量條才能釋放，同時寶可夢能在玩家操作下進行移動，運用合理的走位能夠躲避敵人的招式，這下我們也能自信的給出「快躲開」的指示了！
系列首次由寶可夢與訓練家一起即時行動的戰鬥！
