《寶可夢傳說Z-A》已經確定了野生特區ZA登封戰，而最近又有遊戲流程的傳聞流出。根據知名舅舅Ball Guy的爆料，《寶可夢傳說Z-A》採用了獨立故事線的章節式敘事結構，玩家可以通過推進ZA登封戰，來解鎖密阿雷市不同區域的不同故事線。
根據Ball Guy的爆料，《寶可夢傳說Z-A》目前已知的故事線包括「聯盟錦標賽篇」、「黑幫篇」、「偵探推理篇」與「彩蛋支線」。其中「聯盟錦標賽篇」靈感來自《寶可夢 X/Y》的「對戰屋」，其中包括使用Mega快龍的新角色Jacinthe以及使用Mega老翁龍的隨行女僕。在「黑幫篇」玩家將會遭遇使用Mega蜈蚣王的黑幫老大Corriveau，以及使用Mega盔甲鳥的副手Phillipe。在「菜單支線」中，玩家可以看到原本作為《寶可夢 X/Y》反派閃焰隊科學家庫瑟洛斯奇改行精英快餐車，而弗拉達利可以與基格爾德進行心靈交流，就像劇場版中常用的「心靈感應」。「偵探推理篇」目前沒有具體內容。
在《寶可夢：朱/紫》中，劇情採用了「傳說之路」、「冠軍之路」與「星塵之路」三條分支，雖然沒有固定的主線，但是本作豐富的角色塑造一改前作《寶可夢：劍/盾》玩家對劇情單薄的印象。按照爆料的說法，GameFreak似乎在《寶可夢傳說Z-A》中也吸收了《寶可夢：朱/紫》的敘事經驗。
