武裝偵探社和港口黑手黨勢不兩立的原因主要有以下幾點：
理念與目標相悖：武裝偵探社以維護正義、保護無辜、解決疑難案件為宗旨，致力於守護橫濱的和平與秩序，代表著光明與正義。而港口黑手黨是一個以港口為勢力範圍的兇惡犯罪組織，紮根於城市的政治經濟等各個領域，通過暴力、暗殺、走私等非法手段獲取利益和權力，是城市的陰暗面本身1。兩者的理念和行為方式完全相反，這是導致它們勢不兩立的根本原因。
歷史恩怨與衝突：在過去的經歷中，雙方積累了許多恩怨。例如，兩大組織的首領福澤諭吉和森鷗外之間有著複雜的過往。森鷗外曾是前任黑手黨首領的醫生，用手術刀殺了前任首領上位，而福澤諭吉則對這種暴力奪權的行為以及黑手黨的行事風格深感厭惡。此外，雙方成員在執行任務過程中也經常發生衝突，進一步加深了彼此的仇恨和對立。
地盤與資源競爭：橫濱是一個有限的空間，兩個組織在勢力範圍和資源獲取方面存在著直接的競爭。武裝偵探社希望通過合法手段維護城市的穩定，而港口黑手黨則試圖擴張自己的地盤和勢力，掌控更多的資源和利益。這種競爭不可避免地導致了雙方的衝突和對立。例如，在一些商業區域或者重要的資源節點，雙方可能會為了爭奪控制權而發生爭鬥。
異能威脅與防範：雙方都擁有強大的異能者，對彼此構成了潛在的威脅。為了保護自身組織的安全和利益，它們不得不對對方保持警惕並採取防範措施。港口黑手黨擔心武裝偵探社利用異能者來打擊自己的犯罪活動，而武裝偵探社也害怕港口黑手黨的異能者會對城市和民眾造成傷害。這種異能威脅的存在，使得雙方的關係更加緊張和對立。
儘管兩個組織勢不兩立，但在一些特殊情況下，為了共同的利益或者面對更大的威脅時，它們也會暫時放下分歧，進行合作。例如在面對外來異能組織的入侵時，雙方曾聯手對抗，以保護橫濱的安全。
