在《薩爾達傳說：智慧的再現》發售之前，有一些粉絲指出該遊戲的地圖與《薩爾達傳說：眾神的三角力量》的地圖非常相似。而現在真相大白了，原來在任天堂和Grezzo決定採用「迴響」這一概念，以及讓薩爾達公主擔任主角之前，這款遊戲曾被策劃為是SNES經典遊戲《薩爾達傳說：眾神的三角力量》的續作。不過在項目全面開發之後，這一想法發生了改變。
《薩爾達傳說：智慧的再現》的聯合導演Tomomi Sano為此談論了遊戲的開發過程：「首先，我們確定了遊戲玩法和具體場景。一旦確定了這些，比如有與水和森林相關的場景，我們便選擇了特定的種族——在水場景中是河之卓拉人和海之卓拉人，在森林場景中是Deku Scrubs人。Grezzo還負責過《薩爾達傳說：姆吉拉的假面》的重製版，其中就有這些種族。我們希望以一種符合我們遊戲邏輯的方式引入它們。」
儘管地圖有相似之處，但《薩爾達傳說：智慧的再現》自成一派。不過，開發團隊似乎在確定最終方案前考慮了多種不同的選擇。此前我們曾聽說，《智慧的再現》原本允許玩家自行創建地牢，而林克在遊戲中也差點就能開口說話了。
