常言道，世界上不存在絕對完美的事物，《火影忍者》也是如此。岸本曾花費十幾年的時間，為我們描繪了一個龐大的忍者宇宙，主角鳴人的成長經歷讓人動容。但同時岸本也在劇情中也留下了許多令讀者們無法接受的「設定」，哪怕時隔多年，依然讓讀者們仍然無法釋懷。
把寧次寫沒
寧次是天才型角色的代表，在《火影忍者》早期的劇情中有極高的人氣，在疾風傳之後，寧次的登場次數開始愈發減少，高光時刻用一個巴掌就能數完。
在第四次忍界大戰中，岸本直接安排寧次用肉身替雛田擋木遁，於是這個天才少年就這樣遺憾的退場。
替帶土洗白
帶土這個角色爭議是比較大，原因是他做了太多讓人無法原諒的事。比如參與滅族、弒師、殺師母，操控九尾破壞木葉等等。
然而比較戲劇的是，在第四次忍界大戰中，岸本驚人的把帶土「洗白」了，他甚至成了鳴人眼中的「英雄」，這樣的操作讓不少水門的粉絲表示無法接受，因此帶土的洗白，也成了火影史上最大的槽點之一。
我愛羅的頭髮
我愛羅是紅色的短髮，發梢稜角分明，這個髮型雖說談不上多麼別致，但卻和我愛羅的形象很搭，讓他的顏值整體提升了一大截。
但是在博人傳中，岸本對我愛羅的髮型進行180度的大改變，從稜角分明的短髮，變成斜邊長發，或許岸本設計這個髮型的初衷，是突出我愛羅作為風影的成熟穩重，這一改，直接把我愛羅的顏值拉下一大截。
後期忍術不結印
結印是忍者施術前的必要步驟，這個設定堪稱《火影忍者》系列中的招牌動作。早期的劇情，岸本都會用大量鏡頭，去刻畫忍者們結印的具體步驟，把忍術的每個細節清晰地展現給觀眾。
不過到後期，隨著戰力體系的膨脹，關於結印的鏡頭就越來越少了，等到第四次忍界大戰時，基本上已經沒人再認真結印。比如千手柱間，他的所有忍術基本都是通過雙手合十這個動作進行釋放，難怪有漫迷把柱間的忍術戲稱為「拍立得」。
宇智波鼬屠族
宇智波滅族堪稱火影歷史上的重大事件，當時宇智波一族和木葉的矛盾進入白熱化，雙方即將爆發內戰，這時宇智波鼬為了維護村子的和平，選擇屠殺宇智波一族，把一切罪責背負在自己身上。
當年看這段劇情，著實給自己感動夠嗆，多年之後回過頭來看，鼬這行為確實值得商榷，因為宇智波一族不僅有忍者，還有普通平民（煎餅店老闆夫婦）。
鼬為了村子，居然連老弱婦孺都不放過，這樣的行為和團藏也沒有什麼本質上的區別了，這也是為什麼，最近幾年鼬的風評在火迷之中有所下滑的原因。
自來也沒有被穢土轉生
藥師兜之所以被稱作「圓夢大師」，因為他的利用穢土轉生之術，幫助很多忍者了卻生前沒有達成的願望，而在這些被復活的忍者中，獨獨少了自來也。
自來也他生前一直在尋找傳說中的預言之子，臨終前，他把希望寄托在了鳴人的身上，但他並沒有親眼見到這個結局，所以漫迷們都希望岸本把自來也復活，讓他親眼見證鳴人的成長，也算了卻他的一樁心愿。
然而岸本卻用「屍體沉入大海」這個理由搪塞過去了，估計岸本這樣做，是為了博人傳中果心居士的登場留懸念，也許他從第四次忍界大戰開始，就在構思《博人傳》的劇本，因此才沒讓自來也穢土轉生。
以上就是火影忍者中讓人無法接受的6個設定，對於長篇漫畫來說，因為劇情的變動去改變原有設定也是常見的事，沒有任何一部作品是完美的，《火影忍者》也不例外。所以這些缺點在漫迷看來，都是逐漸可以接受的事。
