《寶可夢：朱/紫》下一款升級檔將於4月底發布。如今本作的版本號為1.2.0，相比首發版雖然修復了很多東西，但仍然存在不少問題。
1.2.0版更新最嚴重的問題是存檔損壞。多位玩家反饋稱更新後出現存檔丟失的問題，其中包含數百小時的進度和辛苦收集的閃光寶可夢。
有報道稱，《寶可夢：朱/紫》將於4月底再次更新，屆時將主要修復一個與寶可夢蛋有關的bug。之前沒有更新1.2.0版升級檔的玩家，在進入太晶團體戰之後會得到一個寶可夢蛋，而並不會捕捉到新寶可夢波盪水和鐵斑葉，而且如果玩家將這個蛋留在隊伍中的話，將無法繼續參加太晶團體戰。下次更新檔將為這部分玩家修復這一問題，讓玩家可以正常捕獲新寶可夢。
而至於存檔損壞問題，官方為玩家提供了一個潛在解決方案，但並未明確表明是否會在4月更新檔中修復這一問題。消息稱，寶可夢公司已經發現這一問題，但並沒有找到具體原因，且在復現時遇到困難。
