在 2001 年的 9/11 事件發生後，小島秀夫差點就取消了《潛龍諜影2》，並從科樂美（Konami）辭職。如果他當初辭職，也許之後就不會發生《P.T.》以及 Fox Engine 開發引擎糾紛等一系列的事件，而他也許會走上完全不同的一條路。
之所以想要取消《潛龍諜影2》，是因為遊戲的結局好巧不巧和 9/11 有所重疊。在遊戲的結尾，巨大的移動潛水堡壘 Arsenal Gear 因 AI 失控撞入了曼哈頓。最終遊戲中並沒有墜毀的片段，只有 Arsenal Gear 在海面上高速移動，隨後它停在紐約廢墟上的畫面。但是多年以來一些幕後細節表明，在 9/11 之後，開發團隊刪除了 Arsenal Gear 撞入城市的場景。
在《東洋經濟周刊》的採訪中，小島表示：「遊戲的主題以及描述，及其與 9/11 現實世界事件的眾多相似之處，使其不適合在當時發布。在諮詢律師後，最終結論是遊戲需要修改 300 處。不用說，我們進入了危機模式，因為它威脅到了遊戲的發布和銷售。」
小島稱他隨後被叫去科樂美的董事會開會，向他們解釋《潛龍諜影2》的細節。他回憶道：「每個人的臉上都有一種『這有點糟糕』的表情。」
當時，小島認為「遊戲不應該在這個時間段發布，我別無選擇，只能負起責任，從公司辭職」。兩個人改變了小島的想法，其中一個是當時索尼電腦娛樂公司總裁久多良木健，他告訴小島：「這不是你應該感到羞恥的事情。你應該繼續發布遊戲。」
小島還「通過郵件聯繫了科樂美的創始人上月景正」。上月回復道：「我已經下定決心了。遊戲應該發布。你有什麼想法？」小島表示自己被這句話所感動，因此也下定決心發布遊戲。
最終，遊戲雖然發布時間「被推遲了幾周」，但《潛龍諜影2》依然於 2001 年 11 月發布。在我們的時間線里，小島得以推出了一部至今仍然深受粉絲喜愛的經典。
實際上在 9/11 後受到影響的遊戲不止有《潛龍諜影》。《GTA3》的自由城警車設計也在事件後進行了修改，使其看起來不會太像真正的紐約警車。PS1 上的《蜘蛛人2》關卡「Enter Electro」也因其發生在世界貿易中心樓頂而被更改，並被設定為最終關卡。
