在2001年的9/11事件發生後，小島秀夫差點就取消了《潛龍諜影2》，並從科樂美（Konami）辭職。如果他當初辭職，也許之後就不會發生《沉默之丘P.T.》以及Fox Engine開發引擎糾紛等一系列的事件，而他也許會走上完全不同的道路。
小島秀夫原本計劃在9/11後取消《潛龍諜影2》並辭職。這是因為遊戲的結局與9/11事件發生時間相近。在遊戲結尾，龐大的移動潛水堡壘Arsenal Gear失去控制，撞入了曼哈頓。然而，根據多年來的幕後細節，開發團隊在9/11事件後刪除了Arsenal Gear撞入城市的場景。
在接受《東洋經濟周刊》採訪時，小島表示：「由於遊戲的主題和描寫與9/11事件有太多相似之處，它在當時的發布時機並不合適。在諮詢律師後，我們最終決定對遊戲進行300處修改。不用說，我們陷入了危機，因為這威脅到了遊戲的發布和銷售。」
小島秀夫計劃辭去科樂美的職位，並在向公司董事會解釋《潛龍諜影2》細節後，他們面露「這有點糟糕」的表情。然而，兩個人改變了小島的想法。其中一個是當時索尼電腦娛樂公司總裁久多良木健，他告訴小島：「這不是你應該感到羞恥的事情。你應該繼續發布遊戲。」
小島還通過郵件與科樂美的創始人上月景正取得聯繫。上月回復道：「我已經下定決心了。遊戲應該發布。你有什麼想法？」小島被這句話所感動，並下定決心繼續發布遊戲。
最終，《潛龍諜影2》雖然發布時間推遲了幾周，但仍於2001年11月上市。在我們的時間線上，小島算是成功推出了一款備受粉絲喜愛的經典遊戲。
實際上，在9/11事件後受到影響的遊戲不僅僅是《潛龍諜影》。《俠盜獵車手3》中的自由城警車設計也進行了修改，以避免與真實的紐約警車太過相似。PS1上的《蜘蛛人2》關卡「Enter Electro」也因其發生在世界貿易中心樓頂而進行了修改，並被設定為最終關卡。
