《超級機器人大戰Y》第一章大任務總共有4個，無論是遊玩男主還是女主都是一樣的劇情，推完等級為G級，全部做完後可以獲得200MXP。
《超級機器人大戰Y》第一章任務線分享
男主人公
| 順序 | 任務名稱 | 推薦等級 |
| ① | ★鮮花、忍者與生日（男主人公） | G級或以上 |
| ② | ★怪獸使與龍 | G級或以上 |
| ③ | ★命運之子們 | G級或以上 |
| ④ | ★被開啟的門扉 | G級或以上 |
| - | ▶進入第2章 | - |
女主人公
| 順序 | 任務名稱 | 推薦等級 |
| ① | ★百花盛開之園 繁花將至（女主人公） | G級或以上 |
| ② | ★覺醒的天之鬼 | G級或以上 |
| ③ | ★合體龍人 | G級或以上 |
| ④ | ★被開啟的門扉 | G級或以上 |
| - | ▶進入第2章 | - |
戰艦任務
| 艦內任務 | 報酬 |
| 關於STG記憶體的開放說明 | ・MXP：100 |
| 關於輔助成員 | ・MXP：100 |
