為什麼三代火影說團藏的根不屬於他的管轄範圍？個人認為與木葉村高層中由於權力制衡訴求產生的利益平衡有關係，下面具體說明一下。
木葉村根組織出現的根本原因在於木葉高層利益衝突的衍生品，可以說是為了制衡火影權力才出現了根組織。
單純從根組織的任務目標來說實際上與暗部沒有多少差別，基本上都是執行某些見不得光的特殊任務。按理說木葉村從火之國得到的財政撥款有限，為什麼還要無故擴大暗部的規模呢？
難道單純的只是團藏願意為木葉鞠躬盡瘁死而後已？表面上看根的出現是為暗部培養人才，但是實際上根組織產生的原因苗頭還是在木葉村高層之間的權利爭奪上面。
在木葉村剛剛成立的階段，千手一族和宇智波一族擁有最強的綜合實力，木葉高層被千手一族把持，宇智波一族由於和千手一族的矛盾很難進入核心管理層，其他家族由於整體實力的差距也很難進入木葉村權力核心。
按理說以千手一族的實力實際上可以搞獨裁，任何事務完全由千手柱間說了算，但是千手柱間還是希望木葉村內部管理模式更加民主一些，讓其他家族能夠參與進來有歸屬感。
這種管理模式從效果來說有利有弊，好的地方在於不會加劇千手一族和其他族群之間的矛盾，壞處就是一旦木葉高層各個勢力綜合實力差不多，會由於謀求族群利益導致管理層陷入權力爭奪的內耗之中。
實際上這個問題隨著千手一族淡出視線，宇智波一族發展被暗部監視以後就愈演愈烈了，其他家族為了制衡三代火影猿飛一族的發展，才會搞出根組織來。而團藏恰好就是其他家族代表選出來限制火影個人權力的代表人物，畢竟暗部在建立初期就被規劃為直屬火影的機構，只接受火影的領導，為了避免火影拿暗部搞私活危害其他家族的利益，才會又有一個平級的根組織出來。
猿飛日斬由於家族整體實力有限不得不妥協放棄對於根組織的領導權，這種模式從實際效果來說同樣有利有弊。好處就是能夠讓其他家族有機會制衡火影的選擇和執政模式，宇智波一族的慘劇就在前面，其他家族也不想成為第二個宇智波一族。當然壞處就是根組織這種領導者不定期更換的模式同樣會出現根組織變成私人武裝的傾向。
三代火影無法管轄根組織的原因實際上是對其他家族想辦法限制火影權力大小做出來的妥協。
前面已經提到根組織出現的原因是木葉村其他家族為了避免火影和其家族利用權力一家獨大的產物，如果三代火影個人能力和家族實力夠強，自然不需要擔心這種情況發生，問題是猿飛一族的整體實力是達不到千手一族和宇智波一族巔峰期水平的，為了能夠保證內部環境穩定，猿飛日斬自然需要讓渡一部分權利出去。
這樣根組織才能夠成立，再加上猿飛日斬對於團藏的盲目信任，才導致根組織由早期單純制衡火影權力的機構變成了團藏的私人武裝。
如果三代火影腦子靈光一點，把根組織的領導人設計成定期輪換制度，團藏想要成立私人武裝的成功率會小很多。
根的存在也能夠儘量避免火影把暗部完全納入自己手中干私活牟利，既然是木葉村高層權力鬥爭的產物，為了維持管理層的穩定性，猿飛日斬就不得不放棄對於根組織的領導權。
當然後續團藏一系列操作也證明木葉高層選擇的權力制衡模式並不靠譜，根組織的存在並沒有為木葉村發展壯大做出多少貢獻，反而成為了高層權力鬥爭的犧牲品。
最後總結一下，之所以猿飛日斬無法管理根組織的原因在於根組織的出現實際上是木葉高層制衡火影權力的產物，為了維持管理層穩定性加上盲目相信團藏，三代火影不得不放棄對於根組織的管理控制權。分析不到位的地方請見諒。
