《寶可夢傳說Z-A》遊戲故事將分為多個「篇章」。每個篇章都有一個玩家需要調查的「事件」，但具體細節尚未公開。
《寶可夢傳說Z-A》遊戲的冒險舞台是以人與寶可夢共存的城市為目標，推進都市再開發的「密阿雷市」。來到此地旅行的主人公將入住名為「飯店Z」的古老飯店並將其當作據點，同時與相識於密阿雷市的同伴們一起挑戰市里發生的各種狀況與事件。
另外他還表示《寶可夢傳說：Z-A》的舞台「密阿雷市」從地圖上看形狀像一個大蛋糕，這個蛋糕被分成了好幾「塊(Arc)」，每一塊都有一個玩家需要調查的「事件」，其中一些如下：
一個類似《寶可夢X/Y》對戰屋的「錦標賽區」，會遇到使用Mega快龍的新女角色Jacinthe，以及她使用Mega老翁龍的女僕。
一個「黑手黨區」，會遇到使用使用Mega蜈蚣王的黑手黨老大Corriveau，以及他使用Mega盔甲鳥的副手Phillipe。
一個「偵探區」。
閃焰隊現在經營著一輛由庫瑟洛斯奇駕駛的餐車。
弗拉達利回歸，並與10%形態的基格爾德建立了心靈感應聯繫，這讓他能夠為寶可夢說話。
