《薩爾達傳說：時之笛》重製版最受關注的優化之一，便是新增手動跳躍按鍵。N64原版僅支持林克跑到邊緣自動起跳，玩家只能把控衝刺方向，唯一的跳躍相關攻擊 「跳劈」 無法實現長距離位移，平台關卡時常因為自動判定失誤讓玩家落空。
很多玩家不知道，手動跳躍其實是本作開發初期就存在的功能，後續才被替換為自動跳躍。宮本茂曾在採訪中解釋，當年捨棄該機制，是擔心強制精準跳躍拉高地牢門檻，讓《時之笛》變成一款風格完全不同的平台遊戲。
而這次回歸手動跳躍，並不只是簡單追加操作。官方預覽資訊證實，大量謎題與場景已經重新設計。最典型的改動就是開局科奇里之劍的寶箱，從原版迷宮內部移至高台，需要藉助跳躍才能獲取。這個前期改動預示，後續地牢、機關都將圍繞新的移動機制調整。
對於反覆通關原版的老玩家而言，這意味著熟悉的流程會生出變數。重製版沒有選擇原樣復刻，而是利用跳躍機制重構挑戰，讓老地圖擁有全新解法。改動不會盲目推翻原版設計，在保留原作精華的同時，依靠這一核心改動，為老玩家帶來新鮮感。
